Massive parallel DNA pyrosequencing analysis of the tumor suppressor BRG1/SMARCA4 in lung primary tumors - Rodriguez-Nieto - 2010 - Human Mutation - Wiley Online Library

Massive parallel DNA pyrosequencing analysis of the tumor suppressor BRG1/SMARCA4 in lung primary tumors†


1. Salvador Rodriguez-Nieto1,
2. Andres Cañada2,
3. Eva Pros1,
4. Ana I. Pinto1,
5. Juan Torres-Lanzas3,
6. Fernando Lopez-Rios4,
7. Lydia Sanchez-Verde5,
8. David G. Pisano2,6,
9. Montse Sanchez-Cespedes1,*

Article first published online: 7 DEC 2010
DOI: 10.1002/humu.21415
© 2010 Wiley-Liss, Inc.

Keywords:

* Deep sequencing;
* SMARCA4;
* BRG1;
* lung cancer;
* tumor suppressor gene;
* 454-Roche

Abstract

The tumor suppressor gene, SMARCA4 (or BRG1), which encodes the ATPase component of the chromatin remodeling complex SWI/SNF, is commonly inactivated by mutations and deletions in lung cancer cell lines. However, SMARCA4 alterations appear to be rare in lung primary tumors. Ultra-deep sequencing technologies provide a promising alternative to achieve a sensitivity superior to that of current sequencing strategies. Here we used ultra-deep pyrosequencing to screen for mutations over the entire SMARCA4 coding region in 12 lung tumors without detectable BRG1 protein. While automatic-fluorescence-based sequencing detected one somatic mutation (p.K586X), the pyrosequencing revealed additional variants, thus increasing the sensitivity. One of the variants, which affected a consensus splice site, was confirmed by individual cloning of PCR products, ruling out the possibility of PCR or pyrosequencing artifacts. This mutation, confirmed to be somatic, was present at a frequency of ten percent, suggesting normal cell contamination in the tumor. Our analysis also allowed us to determine the sensitivity and to identify some limitations of the technology. In conclusion, in addition to cell lines, SMARCA4 is biallelically inactivated in a significant proportion of lung primary tumors, thereby constituting one of the most important genes contributing to the development of this type of cancer. © 2010 Wiley-Liss, Inc.

Massive parallel DNA pyrosequencing analysis of the tumor suppressor BRG1/SMARCA4 in lung primary tumors - Rodriguez-Nieto - 2010 - Human Mutation - Wiley Online Library

full-text: 19 pages / 24MB
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/humu.21415/pdf



ONCOLOGÍA
Actualidad Ultimas noticias - JANOes -
Identifican en pacientes un nuevo gen implicado en el cáncer de pulmón

JANO.es · 23 Diciembre 2010 09:28

Una investigación del IDIBELL confirma que el gen supresor SMARCA4 está inactivo en tumores primarios de pulmón.



Un estudio realizado por investigadores del grupo de Genes y Cáncer del Programa de Epigenética y Biología del Cáncer del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) ha identificado por primera vez en tejido tumoral primario de enfermos de cáncer de pulmón, la mutación del gen SMARCA4.

En condiciones normales, este gen, también conocido con el nombre BRG1, permite producir una proteína que frena el desarrollo del cáncer de pulmón. Investigaciones previas, realizadas por los mismos investigadores, habían detectado esta mutación en cultivos celulares in vitro. El estudio, liderado por la investigadora Montse Sánchez�]Céspedes, se acaba de publicar en la edición digital de la revista Human Mutation.

Los investigadores han utilizado una nueva técnica de cribado masivo que permite detectar mutaciones de forma más precisa. Mientras que la técnica tradicional requiere que, como mínimo, un 10% de la muestra contenga células alteradas por poderlas identificar, el nuevo sistema es capaz de detectarlas con un 2%. La mutación en el gen SMARCA4 es la cuarta causa más frecuente de cáncer de pulmón de célula no pequeña, que supone el 80% de los cánceres de pulmón.

El primer firmante de la investigación, Salvador Rodríguez-Nieto, destaca que la identificación de este gen en muestras tumorales de pacientes es importante para desarrollar nuevos fármacos en el futuro: “la restauración de la función del gen alterado permite revertir el proceso tumoral, cosa que lo convierte en una diana terapéutica muy prometedora.”

Nueve de cada diez cánceres de pulmón están causados por el tabaco. Aunque se trata de uno de los más estudiados a nivel genético, todavía falta mucho camino para poder identificar todos los genes que intervienen en la aparición y la progresión de la enfermedad.

La investigación ha sido financiada por el Ministerio de Ciencia e Innovación y de la Asociación Española Contra el Cáncer y ha contado con la colaboración de investigadores del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas de Madrid (CNIO), del Hospital Virgen de la Arrixaca de Murcia, del Hospital Universitario Madrid Sanchinarro y del Instituto Nacional de Bioinformática de Madrid.



Human Mutation (2010); doi: 10.1002/humu.21415
Massive parallel DNA pyrosequencing analysis of the tumor suppressor BRG1/SMARCA4 in lung primary tumors - Rodriguez-Nieto - 2010 - Human Mutation - Wiley Online Library

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